Au niveau national, un dispositif institutionnel a été mis en place pour la mise en œuvre du FVC constitué par : l’Autorité Nationale Désignée (AND), le Comité de pilotage et le Comité technique.
     • Le Ministère de l’Environnement et du Développement Durable (MEDD) à travers la Direction de l’Environnement et des Etablissements Classés (DEEC) assure l’Autorité Nationale Désignée ;
      • Le Comité de Pilotage est composé de la Présidence, la primature, le ministère des Affaires Etrangères, le Ministère de l’Economie, des Finances et du Plan, le MEDD, patronat, CESE, commission Environnement de l’Assemblée Nationale et la Société Civile, COMNACC ;
     • Le Comité Technique est assuré conjointement par les comités d’adaptation et d’atténuation du COMNACC qui sont constitués par les différents représentants des ministères sectoriels techniques, des ONG, du secteur privé etc.

Le Comité technique se réunit au moins quatre fois par an pour examiner les propositions de projets à soumettre au FVC. Cet exercice se fait sur la base des critères de validation qui prennent en compte l’aspect technique, l’aspect financier et l’aspect développement. Ce comité formule des avis et recommandations techniques et scientifiques au comité de pilotage.

Le comité de pilotage, quant à lui, est responsable de la planification, de la priorisation, du suivi-évaluation des projets à soumettre au fonds, de la gestion et de la vérification de l’utilisation des ressources affectées au titre du FVC.

L’AND ne délivre au porteur de projet la lettre de non-objection que si le comité de pilotage émet un avis favorable sur les projet/programmes.